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在CyberArticle裡面，依次點擊「主選單 -> 工具 -> 選項」，可以對CyberArticle進行全面的設定：
一般設定
資料夾設定
常用資料夾
節點列表
樣式
設定節點列表的樣式。可以選擇經典樣式或者Outlook 2003樣式。經典樣式，類似於Outlook Express信件顯示方式，而Outlook
2003樣式，則類似Outlook 2003的信件顯示方式。
其中經典樣式，適合將節點列表視窗放在主視窗的右上角顯示，而Outlook
2003樣式，則適合於將節點列表，同資料夾視窗並列顯示（適合寬螢幕使用者）。
您可以設定自動切換樣式，當節點列表視窗的寬度小於設定的寬度時，將採用Outlook 2003樣式，否則採用經典樣式。
經典樣式
您可以設定經典樣式所顯示的內容：
您可以設定顯示的列，以及各個列的寬度。可以設定寬度為固定的像素數量或者是百分比。 閱讀 閱讀文章
您可以設定後自動將文章標記為已讀，以及標記為已讀的時間。
Tab
您可以設定是否自動在新視窗中開啟文章。
啟動
您可以設定，是否開啟您最後一次關閉程式時，瀏覽的文章。
自動開啟檔案
設定是否自動開啟附件檔案，例如pdf檔案
最小化 您可以設定，當CyberArticle最小化或者關閉的時候，是否允許最小化到系統通知區域或者關閉。
編輯文章一般設定 標題控制項：設定標題控制項，是否採用下拉框。如果採用下拉框，則下拉內容，是目前可用的日期。
Tab：您可以設定按下Tab鍵之後，插入的空格數量。
貼上文字：您可以設定，是否採用IE預設的貼上方式。如果採用TAB轉換為空格方式，則可以保留您的排版格式。
HTML原始碼檢視：您可以設定，顯示HTML原始碼的時候，是否給原始碼進行上色。
自動儲存：是否允許自動儲存。設定0為不自動儲存。
顯示快速編輯工具列：是否允許顯現快速編輯工具列
新增文章設定 新增文章預設字型：您可以設定，新增文章採用的預設字型。該選項僅對系統預設的新增文章範本有效。
新增文章標題：是否採用空白作為預設的標題（儲存的時候，將會提示輸入標題）。
預設編輯器：選擇快速編輯器或者複雜編輯器作為預設的編輯器。
螢光筆設定
您可以設定三個螢光筆的文字顏色和背景顏色。
新增文章範本 您可以設定新增文章/新增日記使用的預設範本 工具一般設定
文章編輯器 您可以新增/刪除/修改外部的文章編輯器。新增的文章編輯器，將會顯示在工具列的「編輯文」章按鈕的下拉選單裡面。您也可以將外部編輯器設定為預設（在前面打勾）。這樣當您點擊工具列上面的「編輯文章」按鈕的時候，將會直接使用外部編輯器對文章進行編輯。 新增外部編輯器 點擊「新增」按鈕，就可以出現新增工具對話框：
設定檔案名，工具名稱以及命令行格式，點擊「確定」按鈕，就可以新增一個外部編輯器。 命令行中，%Tool%代表工具檔案名，%FileName%代表進行編輯的HTML檔案名。 文章閱讀器 您可以設定一個外部程式，作為文章閱讀器。當您按兩下文章節點的時候，將會呼叫文章閱讀器開啟文章。 外掛設定
在這裡您可以禁止或者起用一些外掛。透過停用某些不常用的外掛，您可以加快CyberArticle的啟動速度和執行速度。 點擊「快速鍵」，您可以給外掛設定快速鍵：
您最多可以給10個外掛設定快速鍵。 巨集
您可以停用一些巨集 Internet Explorer設定
您可以設定IE的右鍵選單和工具列按鈕顯示的內容。 點擊「自訂」按鈕，您可以自己定義Internet Explorer的信件選單（僅CyberArticle相關選單）
在對話框裡面，列出了目前Internet Explorer裡面，CyberArticle相關的選單。 點擊「新增」按鈕，可以自己新增一個CyberArticle選單。 選取列表中的選單，點擊「刪除」按鈕，可以刪除選取的CyberArticle選單。 點擊「重設」按鈕，可以將選單恢復到最初設定。 Firefox設定
在這裡您可以安裝CyberArticle專門為Forefox開發的外掛，這樣您在Forefox裡面，就可以儲存網頁了。 注意 該功能對於firefox綠色版無效。請您直接在firefox裡面，安裝CyberArticle安裝目錄下面的firefox\cyberarticle.xpi檔案。 Opera設定
在這裡您可以安裝CyberArticle專門為Opera開發的外掛，這樣您在Opera裡面，就可以儲存網頁了。 注意
Google瀏覽器/蘋果Safari您可以檢視如何使在Google瀏覽器內儲存網頁
目錄設定
您可以設定預設的書籍儲存位置。程式的設定，則儲存在書籍資料夾下面的Settings資料夾裡面。 在安裝程式的時候，您可以設定個人資料儲存位置。您的書籍，設定都會儲存在這裡。您也可以變更這個設定。 您可以設定CyberArticle儲存配置檔案的資料夾以及儲存書籍的資料夾。 密碼設定
CyberArticle密碼 您可以設定CyberArticle啟動的時候，需要輸入密碼。 注意 重新安裝系統後，該設定將會無效。 文章密碼 點擊「設定按鈕」，您可以設定是否儲存文章密碼：
自動升級設定
您可以設定，是否允許自動下載最新版本的CyberArticle。 點擊「檢查新版本」按鈕，可以立刻檢查是否存在新版本。如果存在，將會提示您進行安裝。 書籍維護您可以設定書籍維護選項，例如間隔的天數，維護前是否進行提示，維護的書籍，備份的目錄等等。
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